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三年之后石井四郎获得微生物学博士学位，到京都卫戍病院就职。这段时间里，在学术杂志上发表了一系列医学论文，因其独到的见解，在倭国的医学界逐渐打响了名气。
一次偶然的机会，石井四郎读到了二等军医原田撰写的有关细菌战的报告书，引起他内心的强烈共鸣，他因此决定将细菌研究投入到战争中去，以攫取更大的利益。
此后，石井四郎不厌其烦的向陆军部和参谋本部兜售细菌战带来的好处。
接下来的三年时间里，石井四郎以考察的名义到达欧洲，当时倭国经常派遣所谓“最优秀的年轻军官”到海外学习、考察军事，同时尽可能多地收集情报。这段时间石井四郎先后到过二十多个国家，这厮所谓的考察，其实就是在世界各地搜集不同的细菌样本，为其所谓的帝国圣战做准备。
石井四郎回到倭国，随即开始进行细菌战的准备。他认为：“军事医学不仅仅是治疗和预防，真正的军事医学的目的在于进攻。”
紧接着，石井四郎向倭国陆军省军务局局长的永田铁山少将建议：“我认为，研制细菌武器已刻不容缓，迟延一日，必将使帝国遗恨无穷。”
几个月后，石井四郎成为陆军军医学校防疫部教官，同时晋升为陆军少佐。当然，他几乎无时无刻四处游说细菌战的各种好处。他这样做的目的就是在陆军军医学校设立一个以自己为首的“防疫研究室”，以开展细菌战的研究，最终成为倭国细菌战的大本营。
石井四郎力主研究和利用细菌战的建议，自然得到了倭国统治集团的赞赏，对于狂热的军国主义分子来说，就需要像石井四郎这样的人才，自然给予积极帮助。
两年后，东京若松町的陆军军医学校内，石井四郎心心念念的“防疫研究室”终于设立。大概是考虑到安全的需要，防疫研究室深处地下，空间狭小，他也仅有五名助手，然不可否认的是，令人谈之色变的“食人魔窟”已经在这个世界上诞生了。
为了加紧细菌战的研究，倭国军部对石井四郎的支持可谓不遗余力，其他陆军部队的经费入不敷出，而石井四郎用于细菌战的研究经费，一直都在节节攀升。
次年八月，日本陆军军医学校校长小泉将自己实验室后面的一块地给了石井四郎，建成一栋面积达一千七百平方米的新楼，与防疫部原来的建筑相接连，并改称为“防疫研究所”。
不久，石井四郎和增田知贞以及四个助手五个雇员随行，乔装改扮，用了
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